刑事自诉案的立案程序是：首先由自诉人直接向提起诉讼，其次应当决定是否立案受理。自诉案件是指告诉才处理的以及其他不需要进行侦查的轻微刑事案件。对于自诉案件，被害人有权向人民直接起诉。被害人死亡或者丧失行为能力的，被害人的法定代理人、近亲属有权向人民起诉。人民应当依法受理。
《刑事诉讼法》第十九条刑事案件的侦查由机关进行，法律另有规定的除外。人民在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民立案侦查。对于机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民直接受理的时候，经省级以上人民决定，可以由人民立案侦查。自诉案件，由人民直接受理。