环境行政处罚案件立案程序是依法对环境违法行为进行查处的重要环节。根据《中华人民共和国环境保》及《环境行政处罚办法》等相关法律法规的规定，环境行政处罚案件立案程序主要包括简易程序和一般程序两种。
简易程序是指对事实清楚、情节简单、后果轻微的环境违法行为，由环境保护主管部门适用简易程序进行处罚的程序。适用简易程序的案件，应当根据违法行为的性质和危害程度，依法作出以下处罚决定：
1. 警告；
2. 罚款；
3. 没收违法所得；
4. 责令停产停业；
5. 暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照。
一般程序是指对事实复杂、情节严重、后果重大的环境违法行为，由环境保护主管部门依照法定程序进行调查、取证、审查、决定等环节的处罚程序。一般程序的主要步骤包括：
1. 立案：对违法行为进行初步调查，认为有违法事实需要追究法律责任的，应当予以立案；
2. 调查取证：对已经立案的案件，应当通过现场检查、询问、化验、鉴定等方式进行调查取证；
3. 审查调查结果：对调查结果进行审查，对事实不清、证据不足的案件，应当重新调查；
4. 制作行政处罚决定书：根据审查结果，制作行政处罚决定书，并送达当事人；
5. 处罚决定书的送达：应当在宣告后当场交付当事人；当事人不在场的，应当在7日内依照民事诉讼法的有关规定，根据案件具体情况以直接送达、留置送达、转交送达、委托送达、邮寄送达或公告送达等方式送达当事人。
听证程序是环境行政处罚中最严格的程序之一，依照《行政处罚法》的规定进行。具体流程包括：当事人要求听证的，应当在行政机关告知后3日内提出；行政机关应当在听证的7日前，通知当事人举行听证的时间、地点；除涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私外，听证应公开举行；听证由行政机关指定的非本案调查人员主持；当事人认为主持人与本案有直接利害关系的，有权申请回避；当事人可以亲自参加听证，也可以委托1至2人代理；举行听证时，调查人员提出当事人违法的事实、证据和行政处罚建议；当事人进行申辩和质证；听证应当制作笔录；笔录应当交当事人审核无误后签字或者盖章。环境行政部门根据听证的情况及听证笔录，作出是否对当事人予以处罚及给予何种处罚的最后决定。
在当代社会，如果出现工厂或者是自然人破坏环境的行为，那么就应当积极向有关部门进行投诉举报。有关部门一旦发现环境违法行为，就需要对此进行立案处理。通常情况下分为简易程序和一般程序，主要是根据案情的严重程度来进行选择适用。