劳动合同纠纷的处理方式有这几种：1、协商；2.调解，在双方都无法通过并且协商达成共识的时候，则可以要求相关机构进行调解。有一方或双方都是国有企业，可以提出让上级主管部门进行调解。上级机关应当区别是非，在平等基础上进行调解，而不是行政干预。当事人也可以通过合同管理机构，仲裁机构，等进行调解。
【本文关联的相关法律依据】
处理劳动合同纠纷的法律依据主要是《劳动争议调解仲裁法》
第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。