法律分析：最大的不同是两者的开票额度。万元版的，最高开票限额9999.99元（不含）；十万元版的，最高开票限额为99999.99元（不含）。这是纳税人能够直接感受到的，两者最大的差别。如果万元版的不能满足纳税人开票需求，可以填写防伪税控企业最大开票限额变更审定表，申请领取十万元版的。法律依据:
《中华人民共和国管理办法》
第一条 为了加强管理和财务监督，保障国家税收收入，维护经济秩序，根据《中华人民共和国税收征收管理法》，制定本办法。
第二条 在中华人民共和国境内印制、领购、开具、取得、保管、缴销的单位和个人（以下称印制、使用的单位和个人），必须遵守本办法。
第三条 本办法所称，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。