1、享受的社保待遇不同。农村合同制工人参加农村合作医疗和养老，城镇合同制工人参加社区医保和养老；
2、缴纳的保险种类不同。农民合同制工人本人不缴纳失业保险费。城镇合同制工人需要缴纳失业保险费；
3、医保的报销项目不同。农业户口和城镇合同制户口社保报销比例不一样，药物的报销品种也不一样。
一、什么是合同纠纷
合同纠纷，是指因合同的生效、解释、履行、变更、终止等行为而引起的合同当事人的所有争议。合同纠纷的内容主要表现在争议主体对于导致合同法律关系产生、变更与消灭的法律事实以及法律关系的内容有着不同的观点与看法。合同纠纷的范围涵盖了一项合同的从成立到终止的整个过程。
二、合同纠纷解决方式
（一）协商
合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
（二）调解
合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
（三）仲裁
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
（四）诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到，寻求司法解决。除了上述一般特点之外，有些合同还具有其自愿的特点，如涉外合同纠纷，解决时可能会援引外国法律、而不是中国相关的合同方面的法律。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第七十四条
县级以上地方劳动行政部门依法对下列实施劳动合同制度的情况进行监督检查：
（一）用人单位制定直接涉及劳动者切身利益的规章制度及其执行的情况；
（二）用人单位与劳动者订立和解除劳动合同的情况；
（三）劳务派遣单位和用工单位遵守劳务派遣有关规定的情况；
（四）用人单位遵守国家关于劳动者工作时间和休息休假规定的情况；
（五）用人单位支付劳动合同约定的劳动报酬和执行最低工资标准的情况；
（六）用人单位参加各项社会保险和缴纳社会保险费的情况；
（七）法律、法规规定的其他劳动监察事项。