区别如下：
1、纳税期限的不同：个税月缴的纳税期限一般为纳税人在月度终了后十五日内。而综合所得个税年缴的工作应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理，经营所得个税年缴的工作应当在取得所得的次年三月三十一日前办理。
2、申报方式的不同：企业为员工进行个税月缴工作的，需要通过“自然人电子税务局”提交申报和缴纳税费。员工个人需要完成个税年缴工作的，应自行通过“个人所得税APP”提交申报和申请退税。
个人所得税扣除标准：
最新个人所得税扣除标准规定按照个人每月所得数额分别按照适用的税率进行计算后扣除，纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的，应当在取得所得的次月十五日内向税务机关报送纳税申报表，并缴纳税款。
综上所述，纳税期限的不同，申报方式的不同。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》 第十一条
居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由税务主管部门制定。
居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。
非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。