土地承包合同的违约金是由双方当事人共同协商的。
违约金是合同经济方式的一种，也是对违约的一种经济制裁。违约金具有担保债务履行的功效，又具有惩罚违约人和补偿无过错一方当事人所受经济损失的效果。在司法实践中，对于承包合同违约金的确定应当严格按照当事人意思自治原则，由当事人双方自行约定，也可以在发生合同约定后双方自行协商。
在审理案件过程中，如果承包合同违约方以约定的违约金过高为由，要求减少，会参照实践中一般标准予以调整。当然，对于承包合同违约金约定过低，不足以弥补当事人损失的，可以根据当事人提出的要求视情况予以提高。
承包合同违约金的计算依据：违约金本金×约定的利率×违约天数。对于合同当事人没有约定逾期付款违约金标准的，人民可以参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算逾期违约金。对于承包合同未约定违约金的，在判决时候可以不支持违约金。
违约金是合同经济方式的一种，也是对违约的一种经济制裁。违约金具有担保债务履行的功效，又具有惩罚违约人和补偿无过错一方当事人所受经济损失的效果。在司法实践中，对于承包合同违约金的确定应当严格按照当事人意思自治原则，由当事人双方自行约定，也可以在发生合同约定后双方自行协商。在审理案件过程中，如果承包合同违约方以约定的违约金过高为由，要求减少，会参照实践中一般标准予以调整。
当然，对于承包合同违约金约定过低，不足以弥补当事人损失的，可以根据当事人提出的要求视情况予以提高。承包合同违约金的计算依据：违约金本金×约定的利率×违约天数。对于合同当事人没有约定逾期付款违约金标准的，人民可以参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算逾期违约金。对于承包合同未约定违约金的，在判决时候可以不支持违约金。
总的来说，对于土地承包合同发生违约的，可以先要求违约方继续履行合同，当事人也可以要求对方采取一定的补救措施，或者是可以要求违约方支付罚款。土地承包经营合同发生纠纷的，可以向人民提起民事诉讼或向国土资源局申请解决。
一、关于逾期付款违约金约定比例的有关规定
关于逾期付款违约金约定比例的有关规定如下：
1．对于合同当事人没有约定逾期还款或付款违约金标准的，可以要求违约金，该违约金可以参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。
2．违约金计算方式（即逾期贷款利息计算方式）：在借款合同载明的贷款利率水平上加收30％－50％，但不得超过中国人民银行贷款利率的4倍。若未约定贷款利率的，在中国人民银行发布的同期贷款利率的水平上加收30％－50％。