农村合作医疗缴费后次年的1月1日开始生效，有效期截止到次年12月31日。现在农村合作医疗改革成新农村合作医疗了。新型农村合作医疗，简称“新农合”，是指由组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。采取个人缴费、集体扶持和资助的方式筹集资金。
法律依据：《社会保险法》第二十五条
国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由给予补贴。