刑事自诉案的立案程序是：首先由自诉人直接向提起诉讼，其次应当决定是否立案受理。自诉案件是指告诉才处理的以及其他不需要进行侦查的轻微刑事案件。对于自诉案件，被害人有权向人民直接起诉。被害人死亡或者丧失行为能力的，被害人的法定代理人、近亲属有权向人民起诉。人民应当依法受理。
《刑事诉讼法》第十九条
刑事案件的侦查由机关进行，法律另有规定的除外。
人民在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民立案侦查。对于机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民直接受理的时候，经省级以上人民决定，可以由人民立案侦查。
自诉案件，由人民直接受理。
一、刑事自诉案件第一审程序有哪些
刑事自诉案件第一审程序有：
1、立案。立案一般源于被害人的控告、犯罪人的自首、单位或个人的举报等；
2、侦查。侦查，是指机关、人民依法进行的专门调查工作和与案件有关的强制性措施；
3、审查起诉。人民对侦查终结的自诉案件进行审查，决定是否将该案件提起自诉。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百一十二条规定，人民对自诉案件，可以进行调解；自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉。本法第二百一十条第三项规定的案件不适用调解。
人民审理自诉案件的期限，被告人被羁押的，适用本法第二百零第一款、第二款的规定；未被羁押的，应当在受理后六个月以内宣判。