犯虚开抵扣税款罪的，即处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处二万元以上二十万元以下罚金，数量巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；数量特别巨大的，处七年以上有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。单位犯本罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照个人犯罪的规定处罚。
加重处罚事由犯非法出售用于骗取出口退税、抵扣税款罪而数量巨大的，是本罪的加重处罚事由。特别加重处罚事由犯非法出售用于骗取出口退税、抵扣税款而数量特别巨大的，是本罪的特别加重处罚事由。
一、如何认定虚开的金额？
对于在不具有实际生产经营活动情况下虚开专用的犯罪案件，由于虚开行为人不存在纳税的义务，认定虚开的数额只以销项或进项中较大的数额计算；认定给国家造成损失的数额也只以销项受票人已经向税务机关实际抵扣的数额计算。
1、无实际生产经营的行为人既为他人虚开销项，又让他人为自己虚开进项，应当按其中虚开数额较大的一项计算虚开的数额。
2、无实际生产经营的行为人既为他人虚开销项，又让他人为自己虚开进项的，认定其给国家造成损失的数额，应当以销项受票人已经实际向税务机关抵扣的数额计算，并扣除行为人已向国家缴纳的税款和退赔的款项。
二、虚开抵扣税款罪的立案标准是什么？
非法出售可以用于骗取出口退税、抵扣税款的其他50份以上的，应予追诉。所谓非法出售可以用于骗取出口退税、抵扣税款的其他，是指根据有关法律、法规规定，无权发售可以用于出口退税、抵扣税款的其他的单位或个人私自出售，或者有权发售可以用于出口退税、抵扣税款的其他的单位及其工作人员违反规定向不具备领购、使用上述条件者发售的行为。无论行为人是一次实施还是几次实施非法出售可以用于骗取出口退税、抵扣税款的其他的行为，只要数量累计达到50份以上的，机关就应当立案侦查。