法律分析：处理工程用地纠纷：
1、当事人协商解决。工程用地纠纷发生后，当事人应当本着协商一致、化解矛盾的原则，先协商解决问题。
2、协商不成的，由处理。只有协商不成，才会处理。县级以上应当处理处理的纠纷。乡级或者县级以上应当处理个人与单位之间的争议。
3、当事人对的处理决定不服的，可以向人民起诉。这是处理此类纠纷的最终法律救济渠道，也是法治社会的体现。处理土地所有权纠纷是诉讼的前提。
法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》
第三十七条 在城市、镇规划区内以划拨方式提供国有土地使用权的建设项目，经有关部门批准、核准、备案后，建设单位应当向城市、县城乡规划主管部门提出建设用地规划许可申请，由城市、县城乡规划主管部门依据控制性详细规划核定建设用地的位置、面积、允许建设的范围，核发建设用地规划许可证。
建设单位在取得建设用地规划许可证后，方可向县级以上地方土地主管部门申请用地，经县级以上审批后，由土地主管部门划拨土地。
第三十 在城市、镇规划区内以出让方式提供国有土地使用权的，在国有土地使用权出让前，城市、县城乡规划主管部门应当依据控制性详细规划，提出出让地块的位置、使用性质、开发强度等规划条件，作为国有土地使用权出让合同的组成部分。未确定规划条件的地块，不得出让国有土地使用权。
以出让方式取得国有土地使用权的建设项目，建设单位在取得建设项目的批准、核准、备案文件和签订国有土地使用权出让合同后，向城市、县城乡规划主管部门领取建设用地规划许可证。
城市、县城乡规划主管部门不得在建设用地规划许可证中，擅自改变作为国有土地使用权出让合同组成部分的规划条件。