破产债权确认纠纷的案件受理费先由原告预交，案件审理完毕后，由败诉方承担；部分胜诉、部分败诉的，人民根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额；经人民调解达成协议的案件，诉讼费用的负担由双方当事人协商解决，协商不成的，由人民决定。
【法律依据】
《诉讼费用交纳办法》第二十九条第一、二款
诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。
部分胜诉、部分败诉的，人民根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
第三十一条
经人民调解达成协议的案件，诉讼费用的负担由双方当事人协商解决；协商不成的，由人民决定。
第三十三条
离婚案件诉讼费用的负担由双方当事人协商解决；协商不成的，由人民决定。
第三十四条第二款
行政案件的被告改变或者撤销具体行政行为，原告申请撤诉，人民裁定准许的，案件受理费由被告负担。