根据我国的相关法律条文和司法解释的规定，建设工程施工合同无效的，如果有在合同中明确约定了违约金，是可以参照无效合同主张违约金的。但是在实践判例中，建设工程合同确认无效的，由于当事人无约定违约金条款，因此不再适用。该项制度的规定，有利于保障平等民事主体在民事活动中的合法民事权益。
《最高人民关于建设工程施工合同的司法解释》
第二条
建设工程施工合同无效工程竣工验收合格的，仍可参照无效合同主张违约责任。但在实践判例中，建设工程合同确认无效的，违约金条款不再适用，但可以按照其他法律关于合同无效和解除后的处理原则行使损害赔偿请求权。
一、建筑工程合同无效怎么处理？
建筑施工合同无效的，如果建设工程经竣工验收合格的，则承包人仍然可以请求发包人支付价款。如果经验收不合格的，能够修复的，发包人应当支付价款，但修复费用由承包人承担；不能修复的，发包人可以不支付价款。
《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条
建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
第三条
建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：
(一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；
(二)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。
因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。