合同中未明确约定违约金数额或方式，或双方对违约金存在争议时，不建议直接扣除对方违约金。根据《民法典》第五百八十五条规定，违约金可由或仲裁机构根据请求适当增减。违约方支付违约金后，仍需履行债务。
法律分析
在合同中,通常会约定违约金,如果合同对于违约金的数额或者达成方式没有具体规定,或者双方对于违约金的计算方法或者是否可以免除存在较大争议,缺乏相关证据支持时,建议不要直接扣除对方违约金。
根据2021年实施的《民法典》第五百八十五条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
一、支付违约金有哪些要求？
支付违约金的条件一般为一方当事人或者是双方当事人有违约行为。合同双方对违约金有约定，按照合同约定处理。没有约定违约金的，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定时，可以要求其承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第五百八十五条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
二、单就违约金能否起诉
单就违约金可以向起诉。根据2021年实施的《民法典》第五百八十五条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
结语
在合同中,如果对于违约金的数额、达成方式或计算方法以及是否可以免除缺乏相关证据支持,建议不要直接扣除对方违约金。根据2021年实施的《民法典》第五百八十五条规定,当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金,也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的,人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的,人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的,违约方支付违约金后,还应当履行债务。
法律依据
《民法典》第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。