合作医疗缴费截止时间一般是在当年的12月31日，但也有特殊的其他时间规定，具体缴纳时间根据当地而定。
合作医疗，全称新型农村合作医疗保险，是在群众自愿互助的基础上，依靠集体经济，在防病治病上实行互济互助的一种福利性质的医疗制度。合作医疗，是由我国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用。
合作医疗的参与原则如下：
1、自愿的原则；
2、民办公助的原则；
3、适度的原则；
4、受益的原则。
【法律法规】
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由规定。第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由给予补贴。第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。