农民集体所有的土地用于非农业建设需办理土地使用权证，由县级或市级土地管理部门发证。国有土地的使用权也需办理土地使用权证，由县级以上土地行政主管部门发证。土地所有权、使用权的变更需向县级以上土地行政主管部门提出登记申请，依法办理变更登记。房地产转让或变更需向房产管理部门申请房产变更登记，并向土地管理部门申请土地使用权变更登记。
法律分析
1、依据法律相关规定农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。可见，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。
2、依据法律相关规定，单位和个人依法使用的国有土地，由土地使用者向土地所在地的县级以上土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级以上登记造册，核发国有土地使用权证书，确认使用权。其中，国家机关使用的国有土地的登记发证，由土地行政主管部门负责，具体登记发证办法由土地行政主管部门会同机关事务管理局等有关部门制定。根据相关规定，以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方土地管理部门申请登记，经县级以上地方土地管理部门核实，由同级颁发土地使用权证书。
3、土地使用证的变更根据相关规定，依法改变土地所有权、使用权的，因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移的，必须向土地所在地的县级以上土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。依法改变土地用途的，必须持批准文件，向土地所在地的县级以上土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行变更登记。相关规定房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级土地管理部门核实，由同级更换或者更改土地使用权证书。
结语
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，应向县级或市级土地管理部门申请土地登记，核发土地使用权证书。单位和个人依法使用的国有土地，应向县级以上土地行政主管部门申请土地登记，核发国有土地使用权证书。土地使用权的变更需向相关部门提出土地变更登记申请，经核实后进行登记。房地产转让或变更时，应向房产管理部门申请房产变更登记，并向土地管理部门申请土地使用权变更登记。
法律依据
不动产登记暂行条例：第四章 登记信息共享与保护 第二十四条 不动产登记有关信息与住房城乡建设、农业、林业、海洋等部门审批信息、交易信息等应当实时互通共享。
不动产登记机构能够通过实时互通共享取得的信息，不得要求不动产登记申请人重复提交。
中华人民共和国城市房地产管理法（2019修正）：第五章 房地产权属登记管理 第六十一条 以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方土地管理部门申请登记，经县级以上地方土地管理部门核实，由同级颁发土地使用权证书。
在依法取得的房地产开发用地上建成房屋的，应当凭土地使用权证书向县级以上地方房产管理部门申请登记，由县级以上地方房产管理部门核实并颁发房屋所有权证书。
房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级土地管理部门核实，由同级更换或者更改土地使用权证书。
法律另有规定的，依照有关法律的规定办理。
不动产登记暂行条例：第二章 不动产登记簿 第十条 不动产登记机构应当依法将各类登记事项准确、完整、清晰地记载于不动产登记簿。任何人不得损毁不动产登记簿，除依法予以更正外不得修改登记事项。