运营过程中公司借股东钱的行为一般是合法的，公司股东可以用个人名义借款用于公司经营。公司股东用个人的名义借款用于公司经营，属于公司借款，可以作为公司借款入账。公司向股东借款是否合法需要看是否符合合法的借款程序。若不违背相关公司章程，在此基础上得到其他股东的一致认可和同意，且通过了相关法定程序，则受到法律保护，反之不受到法律保护。公司向股东提供借款是否合法关键要看是否是民间借贷行为。从定义上来看，股东借公司的钱是属于民间借贷行为。
依《公司法》规定，公司享有由股东投资形成的全部法人财产权。股东以出资方式将有关财产投入到公司后，该财产的所有权发生转移，成为公司的财产，公司依法对其财产享有占有，使用，收益和处分的权利。
《最高人民关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十三条股东：企业法定代表人或负责人以企业名义与出借人签订民间借贷合同，出借人、企业或者其股东能够证明所借款项用于企业法定代表人或负责人个人使用，出借人请求将企业法定代表人或负责人列为共同被告或者第三人的，人民应予准许。
一、损害公司利益的行为有哪些？
1、法定代表人利用职务便利占用公司资产。有的公司法定代表人同时兼任公司股东的法定代表人。在经营过程中，该法定代表人利用同时控制两家公司的职务便利，将公司对外应收款项解入股东账户名下。为此，公司以该法定代表人占用公司款项、损害公司利益为由提起诉讼。
2、公司高级管理人员利用职务便利成立同业竞争公司。部分公司高级管理人员注册成立与其任职公司形成同业竞争的新公司，并利用其掌握公司印章等职务便利，将任职公司作为新公司的股东之一予以登记，以便利用任职公司商誉等开展业务。任职公司遂以高管侵害公司权益并违反竞业禁止规定为由提起诉讼。
3、公司固定资产出资不明致其出售所得归属产生争议。部分公司董事擅自将公司出售固定资产所得作为应收款归还公司股东。公司认为固定资产系股东的出资，出售所得款项应属公司所有，公司董事的行为属于挪用公司财产；该公司董事则认为股东并未以固定资产进行出资，只是借给公司使用，因此出售所得属于股东财产。
4、公司股东之间达成保证固定回报协议被诉侵害公司财产。在公司只有两名股东的情况下，一名股东承诺放弃公司经营权，以此换取另一名全权负责公司经营的股东以公司财产每年向其支付固定的收益回报。之后，该公司股权全部转让，新股东认为上述协议属于保证固定回报型保底条款，依法应属无效，故起诉要求原股东返还公司财产。
5、公司法定代表人履职不当损害公司利益。有的公司法定代表人与其他股东产生矛盾后，拒绝配合公司年检，并阻碍公司决议产生新任法定代表人，导致公司错失年检而被行政机关处罚。公司认为该法定代表人的行为损害了公司利益，起诉要求其赔偿损失。