诉讼时效从知道或者应当知道其权利遭受侵害时计算，劳动关系存续期间发生的争议也可以在劳动关系终止后一年以内向起诉。1.应正确理解关于加班工资的诉讼时效的法律规定。2.关于工资支付凭证保存期为两年的规定，不能简单地理解为劳动者主张加班工资的诉讼时效。3.时效问题不能混同于劳动者对加班事实的举证责任。
法律依据
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条规定： “劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。(第4款)劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的;但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。”