法律分析：员工加班费计算基数的确定方式如下：
1、如果劳动合同有明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以单独一项作为计算基数；
2、如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为计算基数。凡是用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等都属于实际工资，但应注意，在以实际工资作为加班费计算基数时，加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除，不能列入计算范围；
3、实行计件工资的，应当以法定时间内的计件单价为加班费的计算基数；
4、加班费的计算基数低于当地当年的最低工资标准的，应当以日、时最低工资标准为基数。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第四十四条 有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。