员工拒绝加班扣工资是不合法的。用人单位不能强迫员工加班，更无权克扣工资。员工有权拒绝加班，除非特殊情况下，如自然灾害、事故等紧急处理，员工不能拒绝加班。加班工资的计算基数包括各种形式的工资、奖金和补贴。加班工资以小时为计算单位，根据工资性收入、加班小时数和加班比例计算。用人单位需与员工协商并获得同意才能安排加班，否则扣工资或解除劳动合同都属于违法行为。
法律分析
一、员工拒绝加班扣工资合法吗
不合法。
用人单位不能强迫员工加班，更无权克扣工资。用人单位安排员工加班，必须事先与员工及工会进行协商。如用人单位事先未与员工及工会协商或者用人单位安排的加班违反了劳动法律法规的有关规定，员工有权拒绝加班。
同时有以下情况的不得安排员工加班：
(一)妊娠期的女员工，不应延长其劳动时间。
(二)女员工怀孕7个月以上，用人单位不能安排她们加班。
(三)女员工在哺乳期内，用人单位不能安排她们加班;哺乳期指的是女员工在哺乳未满一周岁的婴儿期间。
但在特殊条件，单位要求加班员工不能拒绝：
(一)发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁员工生命健康和财产安全，需要紧急处理的。
(二)生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的。
(三)法律、行规规定的其他情形。发生以上情形，员工不能拒绝加班。
二、加班后该怎么算加班工资
1.计算基数
根据《劳动法》第44条的规定加班工资是以工资作为计算基数的，所以要了解加班工资的计算基数首先要了解工资是由哪几部分构成的。
《关于工资总额组成的规定》第4条规定“第四条工资总额由下列六个部分组成：(一)计时工资;(二)计件工资;(三)奖金;(四)津贴和补贴;(五)加班加点工资;(六)特殊情况下支付的工资。”
根据这个规定工资的基数应该包括各种形式的工资、奖金和补贴，比如基本工资，岗位工资，级别工资、超产奖、年终奖、全勤奖以及饭贴和交通补贴等项目。计算加班工资的时候这些项目都应该累加起来。
2.计算加班工资的时间标准
加班工资都是以小时作为计算单位来计算的，因此要计算加班工资首先要算出小时工资。自2008年1月3日起，月标准工作天数为21.75。
具体计算公式为
月工资性收入÷21.75÷8小时×加班小时数×150%(或者200%或者300%)
用人单位若需要安排员工加班，首先需要与员工协商，经过员工的同意之后才能做出安排，一般情况下员工可以拒绝单位加班要求，但是特殊情况则例外。若是员工拒绝加班，单位也不能以此为借口扣工资，甚至解除与员工的劳动合同，这些行为都是违法的。
结语
员工拒绝加班扣工资是不合法的。用人单位不能强迫员工加班，也无权克扣工资。员工有权拒绝加班，除非特殊情况下，如自然灾害、事故等威胁员工生命安全和财产安全的紧急情况。加班工资的计算基数应包括各项工资、奖金和补贴。加班工资按小时计算，具体计算公式为月工资性收入除以21.75天除以8小时乘以加班小时数再乘以150%（或200%或300%）。用人单位应与员工协商并获得同意后才能安排加班，员工拒绝加班不能成为扣工资或解除劳动合同的理由，这些行为都是违法的。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十五条 【未依法支付劳动报酬、经济补偿等的法律责任】用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十二条 【不订立书面劳动合同的法律责任】用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
中华人民共和国劳动法（2018修正）：第十二章 法律责任 第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。