签债权债务抵销协议的流程是：
1、协议的当事人互相交换有关的基本事实和情况；
2、约定双方当事人的权利义务；
3、当事人可以采用书面形式或者口头形式订立，当承诺生效时协议成立。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第五百六十
当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。
当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者附期限。
第五百六十九条
当事人互负债务，标的物种类、品质不相同的，经协商一致，也可以抵销。